Javaプログラムからファイル操作

教えてください。 Javaプログラムであるシェルのスクリプトファイルを呼び出します。 そのスクリプトファイルが他のサーバからファイルを取得してくるなどの操作をします。 SSHでLinuxにログインし、スクリプト自体を手動で実行したら問題無いのですが プログラムから実行する時に”許可がありません”などのエラーが表示され、失敗します。 chownやchmod、もしくは何か特定のユーザ(例：rootユーザ）をプログラムの中で指定して 実行する必要があるのでしょうか？ もしくは何かLinux上で設定変更する必要があったりするのでしょうか？ よろしくお願い致します。