JDK6でのヒープ領域ですがJavaオプション-Xms、-Xmxで指定可能です。 調べてみたところデフォルト値はそれぞれ-Xmsが物理メモリの1/64、-Xmxが物理メモリの1/4とのことです。 実際にlinuxでfreeを実行すると４Ｇでした。 ＪａｖａでRuntime.getRuntime.maxMemory()をlinux上で実行したところ660Mとなってしましました。 物理メモリが4Gなので1/4で1Gではないのでしょうか？ また、デフォルト値の算出方法が誤っていましたら教えてください。
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